Модель спортивного мотоцикла Yamaha YZF1000R Thunderace появилась в 1996 году, придя на смену модели Yamaha FZR1000. Мотоцикл был ориентирован на экспортный, для Японии, рынок стран Европы и Северной Америки, однако в небольшом количестве представлен также на японских аукционах. Модель Thunderace является прародителем флагманской Yamaha YZF-R1.
Yamaha YZF1000R Thunderace был построен на базе двигателя от FZR1000 (обновленная его версия получила более легкий коленвал и поршни, а также новые увеличенные карбюраторы с датчиками положения дросселей), который не стал выдавать больше мощности, но за счет доработок стал более тяговитым на средних оборотах. Рама Thunderace 1000 представляет собой алюминиевую конструкцию типа Deltabox, в измененном виде перешедшую от Yamaha YZF750R.