Модель нейкеда Yamaha MT-03 впервые была представлена в 2004 году в качестве концепта, а в серийное производство пошла с 2006 года. Как и все модели серии MT, данный мотоцикл является весьма оригинальным и необычным для японского мотоцикла в классическом его смысле. За основу Yamaha MT-03 был взят 1-цилиндровый инжекторный двигатель от эндуро Yamaha XT660Z Tenere, который лишь немного перенастроили для повышения крутящего момента на "низах". В итоге двигатель Yamaha MT-03 выдает 48 л.с. мощности и 58,4 Нм крутящего момента.
Примечательным в истории Yamaha MT-03 является ещё и тот факт, что нет единого мнения о том, к какому классу относится данный мотоцикл. Одни называют его нейкедом, другие - кафе-рейсером, третьи - стритфайтером и четвертые - мотардом. Казалось бы, налицо агрессивный вид нейкеда с тормозами от Yamaha FZ6, но простой 1-цилиндровый двигатель, сухая система смазки (сухой картер) и прямая вертикальная посадка, присущая супермото, не позволяют его назвать таковым на все 100%.